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本發明涉及一種定向選擇性分離腸道細菌的方法，屬于微生物分離技術領域。本發明中提供了一種定向選擇性分離腸道細菌的方法，在分離樣品前，先對樣品及在不同培養基生長的樣品進行高通量測序，然后通過生物信息學標準化分析，選擇所需求菌種豐度含量高的樣品，并掌握其營養成分需求及細菌間的相互作用關系繼而增加或減少相應的營養物質和細菌發酵液，從而定向分離獲得所需求的菌種。

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